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20 febrero 2024La gestión de la variabilidad es una cuestión clave para las razas con poblaciones pequeñas que no pueden abastecerse en terceros países. Si el sistema de selección no se cuidara de aumentar el número de orígenes y de aprovechar al máximo los pedigríes originales, se produciría una proliferación de anomalías genéticas y, a largo plazo, sería imposible trabajar con razas puras.
Gracias, en particular, a la no divulgación de los índices, que permite evitar la sobreutilización de las mejores ISU, y a la utilización de herramientas de apareamiento que tienen en cuenta la tasa de parentesco de las parejas previstas, podemos evitar que aumente la tasa media de consanguinidad de la población. Es más, trabajamos con las empresas instaladoras para garantizar que las dosis de cada toro comercializado se distribuyan equitativamente para asegurar un uso justo.
En este folleto le ofrecemos 3 visiones “exteriores” de la raza Tarine sobre el análisis del coeficiente de consanguinidad: un estudio europeo, un estudio nacional y un enfoque del tema en la raza Montbéliarde.
1. EXAMINAR LA ENDOGAMIA, PERO NO SÓLO
RUMIGEN, un estudio europeo que evalúa el impacto de la selección genómica en “poblaciones pequeñas”, ha llegado a dos conclusiones:
► 1ª observación: el hecho de disponer de una población cada vez más genotipada nos proporciona una gran precisión en el conocimiento de los genes, sobre todo para los genes heredados que podrían tener un origen común.
► 2ª observación : la ganancia genética aportada por la genómica ha reducido el intervalo generacional. Esto acentúa lo que se conoce como sesgo de preselección: las cepas más conocidas suelen ser las más indexadas y, por tanto, las más buscadas.
El estudio RUMIGEN también nos informa de que la tasa de endogamia ha tendido a aumentar desde 2015 (en +0,77). Sin embargo, sigue siendo aceptable, ya que también hemos mejorado la precisión del análisis genealógico. Así pues, sin relajar nuestro enfoque sobre la endogamia, disponemos de otras herramientas para evaluar su alcance.
2. CONTROLAR LA VARIABILIDAD PARA EVITAR RETROCEDER
Cada año, el Institut de l’Élevage (IDELE) trabaja y se comunica con el estudio VARUM sobre una lista de indicadores para cada raza, que incluye información sobre la variabilidad genómica.
En cuanto al coeficiente de consanguinidad, sabemos que los productos medios actuales están emparentados en un 4,3%, es decir, que las vacas Tarin tienen en común un 4,3% de su patrimonio genético. La referencia es
La proporción de individuos consanguíneos es del 6,25% (correspondiente a 1 abuelo común).
Este coeficiente de consanguinidad es el mismo (4,3%) que el de la generación anterior. No aumenta, pero tampoco disminuye, lo que nos lleva a concluir que nuestros métodos de control de la endogamia pueden mejorarse y que debemos mantener el impulso en esta cuestión.
En la raza Tarentaise, ahora podemos identificar 7,8 generaciones para la hembra “media”. Con la democratización del genotipado, también tenemos un conocimiento mucho más detallado de las últimas generaciones de las que descienden los individuos. Cuanto más sabemos sobre las generaciones, mayor es la tentación de seleccionar sólo algunas cepas especialmente interesantes, lo que crea mayores riesgos de endogamia, de ahí la importancia de trabajar especialmente la variabilidad.
Probabilidad de identidad genética
| Nombre de générations connues | 7.8 |
|---|---|
| Consanguinité moyenne (%) | 4.3 |
| Consanguinité sur 3 générations (%) | 0.19 |
| Parenté (%) | 5.7 |
| Consanguinité des parents (%) | 3.5 |
| Parenté des parents (%) | 4.3 |
| Source : Idele 2022 |
3. EL EJEMPLO DE LA RAZA MONTBÉLIARDE UNA PLANTILLA MÁS AMPLIA POR GUILLAUME FAYOLLE, JEFE DEL PROGRAMA GENÉTICO UMOTEST
Los datos genómicos están ahora disponibles en cantidades muy importantes, pero aparte de utilizarse para predecir mejor el potencial genético de los individuos (índices genómicos), el resto de la información que contienen, en particular el estado de los genes principales o la variabilidad alélica observada, sigue estando poco explotada. El INRAE ha creado un programa informático para calcular las relaciones directamente a partir de los genotipos de los individuos. Esto es mucho más preciso que el cálculo basado en los pedigríes, que sigue dependiendo mucho de la calidad y la profundidad de los mismos. En colaboración con Umotest, GenEval ha diseñado un nuevo servicio para calcular las relaciones genómicas entre pares de animales genotipados. Inaugurado en junio de 2019, está abierto a todas las razas desde 2020.
La relación genómica es la relación calculada mediante la lectura directa del genoma de los 2 individuos. No tiene que preocuparse por la calidad y profundidad de los pedigríes. El parentesco genómico predice mejor la consanguinidad de la descendencia no nacida. Por ejemplo, 2 hermanas completas (mismos pedigríes) criadas con un toro :
| Accouplés au | Parenté | Pleine soeur 1 | Pleine soeur 2 |
|---|---|---|---|
| Taureau A | pédigrée | 6,25% | 6,25% |
| génomique | 7,34% | 6,11% |
El valor de emparejamiento entre cada macho y cada hembra también es más preciso. De hecho, el parentesco genómico permite determinar el parentesco directamente a partir del genoma de los dos individuos. El parentesco genealógico se basa en las relaciones genealógicas entre individuos. Con el parentesco por pedigrí, cualquiera que fuera el individuo, si el padre y la madre tenían algo en común, la consanguinidad era idéntica para los descendientes.
Herramientas de apareamiento que combinan el objetivo UIS o personalizado, la gestión de genes de interés o anomalías para prevenir
el apareamiento de riesgo puede generar ganancias de hasta el 25% en eficiencia económica (Trabajo GENO3.0 de MO3, con INRA y UMT eBIS (Allice e Institut de l’Elevage) en el que participan Umotest, ECEL du Doubs et Territoire de Belfort, ECEL de Haute-Saône y FIDOCL: tesis de Bérodier M.)
Todos estos parámetros están ahora integrados en los servicios de Umotest a través del motor de cálculo que alimenta los datos genómicos de filiación y de gestión de anomalías (pANO) a las herramientas locales de apareamiento (PAM o Générations).
¿CÓMO CONTROLA EL PROGRAMA DE CRÍA DE AURIVA LA ENDOGAMIA?
El método y los procesos aplicados
- Liberación de 18/20 toros genómicos cada año
- Renovación de empleados confirmados siempre que hayan realizado menos del 5% de las IAT
- No divulgación de los índices genómicos (para evitar un sistema de estrellas)
- Selección basada tanto en el IEUo como en el IEU
- Atención al número de hijos por toro (para diversificar al máximo los orígenes)
- Utilización de VARGEN en el apareamiento de hembras esquemáticas
- Sólo se incluyen en el esquema las hembras que han sido genotipadas.
- Selección por rango intra-semental: identificación de las hembras genotipadas en el TOP 15% (trabajo sobre las mejores hijas de tantos toros diferentes como sea posible).
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