Maîtriser la consanguinité, un enjeu majeur pour continuer à progresser

La gestion de la variabilité est un enjeu essentiel pour les races ayant une petite population et ne pouvant pas se sourcer sur des pays tiers. Si le schéma de sélection n’était pas attentif à multiplier les origines et à valoriser les pedigrees originaux cela engendrerait une multiplication des anomalies génétiques et à long terme une impossibilité de travailler en race pure.

Grâce notamment à la non-divulgation des index qui nous permet d’éviter la sur-utilisation des meilleurs ISU, et en utilisant des outils d’accouplements tenant compte du taux de parenté des couples prévus, nous sommes en capacité de ne pas accroitre le taux de consanguinité moyen de la population. De plus, nous veillons avec les entreprises de mise en place à répartir de façon égale les doses de chacun des taureaux mis en marché pour une équité d’utilisation.

Nous vous proposons dans cette brochure 3 regards “extérieurs” à la race Tarine sur l’analyse du coefficient de consanguinité : une étude européenne, une étude nationale et un focus sur le sujet en race Montbéliarde.

1. REGARDER LA CONSANGUINITÉ MAIS PAS QUE

RUMIGEN, une étude européenne qui valorise l’impact de la sélection génomique dans les “petites populations”, livre deux constats :

► 1er constat : le fait d’avoir une population de plus en plus génotypée nous apporte une grande précision dans la connaissance des gênes, surtout pour ceux hérités qui pourraient avoir une origine commune.

► 2e constat : le gain génétique apporté par la génomique a réduit l’intervalle de générations. Il accentue alors ce que l’on appelle le biais de présélection : les souches les plus connues sont souvent les plus indexées et donc les plus recherchées.

L’étude RUMIGEN nous informe également que le taux de consanguinité depuis 2015 a eu tendance à augmenter (de +0,77). Il reste toutefois acceptable puisque nous avons aussi gagné en précision dans l’analyse de pedigree. Ainsi sans relâcher notre attention sur la consanguinité nous avons d’autres outils pour en évaluer la portée.

2. MAÎTRISER LA VARIABILITÉ POUR NE PAS RECULER

Chaque année l’institut de l’élevage (IDELE) travaille et communique avec l’étude VARUM sur une liste d’indicateurs pour chaque race avec notamment des informations sur la variabilité génomique.

En termes de coefficient de consanguinité, on sait qu’aujourd’hui les produits moyens sont apparentés à 4,3%, c’est-à dire que les vaches tarines ont 4,3% de patrimoine génétique en commun. Pour repère, on
parle d’individus consanguins à 6,25% (correspondant à 1 grand-parent commun).

Ce coefficient de consanguinité est le même (4,3%) que celui de la génération précédente. Il n’augmente pas mais ne descend pas non plus, nous laissant conclure que nos méthodes de maîtrise de la consanguinité sont perfectibles et que la mobilisation autour de ce sujet doit perdurer.

En race Tarentaise, on est aujourd’hui en capacité d’identifier 7,8 générations pour la femelle “moyenne”. Avec la démocratisation du génotypage, nous connaissons également beaucoup plus finement les dernières générations dont sont issues les individus. Plus on connaît les générations, plus la tentation pourrait être grande de ne sélectionner que certaines souches particulièrement intéressantes, créant ainsi de plus grands risques de consanguinité, d’où l’intérêt de particulièrement travailler la variabilité.

Probabilité d'identité des gènes

Nombre de générations connues	7.8
Consanguinité moyenne (%)	4.3
Consanguinité sur 3 générations (%)	0.19
Parenté (%)	5.7
Consanguinité des parents (%)	3.5
Parenté des parents (%)	4.3
Source : Idele 2022

3. L’EXEMPLE DE LA MONTBÉLIARDE, UNE RACE À EFFECTIF PLUS LARGE PAR GUILLAUME FAYOLLE, RESPONSABLE DU PROGRAMME GÉNÉTIQUE UMOTEST

Les données génomiques sont désormais disponibles en très grande quantité, néanmoins en dehors de leur utilisation pour mieux prédire le potentiel génétique des individus (index génomiques), les autres informations qu’elles contiennent, en particulier le statut aux gènes majeurs ou la variabilité allélique constatée sont encore peu exploitées. L’INRAE a produit un logiciel de calcul de parentés directement à partir des génotypes des individus. Ceci permet d’être beaucoup plus précis que le calcul à partir des pedigrees qui reste très dépendant de la qualité et profondeur des généalogies. En partenariat avec Umotest, GenEval a conçu un tout nouveau service de calcul des parentés dites génomiques pour les couples d’animaux génotypés. Ouvert en juin 2019 il est accessible à toutes les races depuis 2020.

La parenté génomique est la parenté calculée en lisant directement le génome des 2 individus. On s’affranchit de la qualité et de la profondeur des pédigrées. La parenté génomique est une meilleure prédiction de la consanguinité des produits à naître. Par exemple, 2 pleines soeurs (mêmes pedigrees) accouplées à un taureau :

Accouplés au	Parenté	Pleine soeur 1	Pleine soeur 2
Taureau A	pédigrée	6,25%	6,25%
Taureau A	génomique	7,34%	6,11%

La valeur de l’apparentement entre chaque mâle et chaque femelle est également plus précise. En effet, la parenté génomique permet de constater l’apparentement directement depuis le génome des deux individus. La parenté pédigrée est basée sur les relations généalogiques des individus. Avec la parenté pédigrée, quel que soit l’individu, si le père et la mère étaient communs, la consanguinité était identique pour les descendants.

Les outils d’accouplement combinant l’objectif ISU ou personnalisé, la gestion des gènes d’intérêt ou les anomalies pour éviter les

accouplements à risque permettent de gagner jusqu’à 25% d’efficacité économique (Travaux GENO3.0 de MO3, avec l’INRA et l’UMT eBIS (Allice et Institut de l’Elevage) impliquant Umotest, l’ECEL du Doubs et Territoire de Belfort, l’ECEL de Haute-Saône et la FIDOCL : thèse de Bérodier M.)

Tous ces paramètres sont désormais intégrés dans les services Umotest au travers du moteur de calcul qui alimente les outils d’accouplements locaux (PAM ou Générations) en données de parenté génomiques et de gestion des anomalies (pANO).

COMMENT LE SCHÉMA DE SÉLECTION AURIVA MAÎTRISE LA CONSANGUINITÉ ?

Zoom sur la méthode et les process appliqués

Diffusion de 18/20 taureaux génomiques tous les ans
Reconduction des confirmés sous réserve d’avoir fait moins de 5% des IAT
Non-divulgation des index génomiques (éviter le star-système)
Sélection autant sur l’ISUo que l’ISU
Attention portée au nombre de fils par père à taureau (pour diversifier au maximum les origines)
Utilisation de VARGEN dans les accouplements des femelles schéma
Ne rentre dans le cadre du schéma que les femelles ayant été génotypées
Sélection par les rangs intra père: repérage des femelles génotypées dans le TOP 15% (travailler les meilleures filles issues d’un maximum de pères différents)