Portrait d’éleveur Mathieu ROUX (73)
14 juin 2020
Progresser en génétique grâce aux embryons Tarins
1 janvier 2023La première indexation Single Step pour les races laitières est l’occasion de faire le point sur cette nouveauté. Développé par les acteurs de la génétique française et internationale, il permet le calcul des index en une seule étape, une harmonisation internationale, une correction du progrès génétique et une meilleure prise en compte de toutes les données issues du génotypage.
Qu'est-ce qu'une indexation ?
Une indexation est le calcul d’estimation d’un potentiel génétique des animaux. Le principe est de résoudre une équation :
Performances = milieu + génétique
Jusqu’à l’avant dernière indexation, le calcul des index se faisait en deux étapes. Une première étape dite de « confirmation du taureau » grâce aux performances de ses filles qui aboutit à la parution des index polygéniques et une deuxième étape qui intègre les données de génotypage.
Pourquoi le single step ?
La démocratisation et l’expansion du génotypage observées depuis une dizaine d’années ont introduit dans ce modèle un biais. En effet, de plus en plus d’animaux sont génotypés partout dans le monde :
- Soit dans le cadre des schémas de sélection pour pré-sélectionner les taureaux d’IA.
- Soit chez vous éleveurs, pour sélectionner les femelles et ne travailler que celles répondant à vos objectifs.
Or cette pré-sélection n’est pas prise en compte dans l’indexation polygénique et « oublie » ainsi une part de plus en plus importante d’informations sur les animaux. Ainsi, avec le single step et grâce aux progrès de l’informatique, les données de génotypage sont intégrées dès le départ, afin de permettre une représentation plus réaliste, à la fois de la population de référence et du progrès génétique réel. Cette correction du biais de pré-sélection entraîne donc une hausse du progrès génétique et met bien en lumière que durant ces 10 dernières années, le progrès génétique a été sous-estimé, plus ou moins fortement selon les effectifs des races évaluées et selon la date d’arrivée de la génomique au sein de ces races. En Abondance, le biais de pré-sélection n’était pas très élevé dans la mesure où la sélection génomique n’est possible que depuis 2016.
Que cela change t-il en Abondance et en Tarin ?
1. La correction du biais se traduit par une hausse de niveau d’index pour les jeunes animaux entraînant dans le cadre des schémas de sélection un relèvement des seuils d’exigence dans le choix des animaux. Nos dernières séries de taureaux en race Tarine ont pris en moyenne +2 pts d’ISU et en race Abondance ont pris en moyenne +6 pts d’ISU.
2. Pour la race Tarine un reclassement de seulement 2% (à la hausse ou à la baisse) des mâles, et de 8% pour les femelles génotypées. Pour la race Abondance un reclassement de seulement 3% (à la hausse ou à la baisse) des mâles, et de 12% pour les femelles génotypées. On observe également sur la population femelle, une meilleure répartition dans les classes d’index, avec l’apparition d’animaux plus extrêmes.
Evolution Moy ISU race Abondance mâles
Evolution Moy ISU race Tarine mâles
3. Un index Naissance/Vêlage disponible pour les animaux génotypés. Nous pourrons enfin dire si un jeune taureau est utilisable ou non sur génisses.
4. Un léger gain de précision : même si l’objectif du Single Step est bien de gagner en cohérence, avec les évolutions concomitantes à ce modèle, comme l’harmonisation du calcul des CD pour tous les caractères, nous avons pu observer une augmentation du CD sur les jeunes animaux :
CD en Race Tarine
CR en Race Abondance
Que doit-on en retenir ?
Le Single Step est une méthode fiable éprouvée par plusieurs études qui permet un gain d’information pour les animaux génotypés et toujours plus de qualité dans les prédictions génétiques et des futurs résultats terrain.
Si la méthode de calcul change, les services apportés aux éleveurs eux ne changent pas et notre volonté de vous accompagner au plus près de vos besoins n’en est que renforcée !
